农村自建房加盖二层属于合法行为，需经乡镇审核并县级批准。未经批准的为违法建筑。国家允许农民自愿退出宅基地，鼓励利用闲置宅基地和住宅。农村宅基地改革由农业农村主管部门负责。农民建房需办理建设规划许可证及县级审批，未经规划或批准属违法建筑。乡、村庄规划区内未依法建设的可被责令停建、限期改正，逾期可拆除。
法律分析
农村自建房加盖二层即为在合法获得的宅基地上建房，不属于违章建筑。农村居民建造住宅的，要经乡镇审核，并经县级批准后，方可以实施。未经批准的，即为违法建筑。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。
农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。
宅基地加盖二层不合法，需要报建审批后才能建房。只要有审批手续，就不违法。各地对这方面的规定都不一样，有些地方要求拿到相关部门的审批文书、而有些地方只需要村委签字同意，有些地方则只需是自己名下的宅基地即可。
1、农民所建房屋没有办理建设规划许可证或者没有报经县级审批的情况下，都属于违法、违章建筑。
2、农民建房前，应当报经当地城乡规划部门进行房屋选址，确定四至及房屋面积等。规划完成后，还需要逐级报经县级批准，获得批准后，方能进行房屋建设。未经规划或者未经批准的，都属于违法、违章建筑。在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
拓展延伸
农村自建房加盖二层的合法性调查及相关规定解读
农村自建房加盖二层的合法性问题一直备受关注。根据相关规定，农村自建房需要符合土地利用、建设规划和建设标准，且必须获得相应的建设许可证。在加盖二层时，应当遵守相关规定，如建筑高度、结构安全等要求。此外，还需考虑土地性质、用途、周边环境等因素。
要确定农村自建房加盖二层是否违建，首先需要核实当地的土地利用和建设规划。如果土地规划允许加盖二层，且符合建设标准，那么加盖二层是合法的。但如果土地规划不允许加盖二层，或者加盖的二层不符合建设标准，就可能构成违建。
因此，针对具体情况，建议咨询当地规划部门或法律专业人士，以了解具体的法律法规和要求。在进行任何建设行为之前，务必获得相关的许可证，并确保按照规定进行建设。这样可以避免违法违规问题的发生，保障自身权益，维护社会和谐稳定。
结语
农村自建房加盖二层需获得合法建设许可证，否则属于违法建筑。根据相关规定，农民在建房前应报经城乡规划部门审批，并获得县级的批准。各地对审批要求不同，有些地方需要相关部门的审批文书，有些只需村委签字同意，有些则只需自己名下的宅基地。未经规划或批准的属于违法、违章建筑，可能面临责令停建、限期改正甚至拆除的处罚。农村自建房加盖二层的合法性需遵守土地利用、建设规划和建设标准，建议咨询当地规划部门或法律专业人士以确保合规建设，维护自身权益和社会稳定。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法》
第六十二条农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
农村村民住宅用地，经乡（镇）审核，由县级批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。
