可以，一般情况下是在出院结账前只要能登记上新农合是都可以报销的。但是报销比例可能会有所不同，电子转诊与纸质转诊报销的比例会相差一部分比率。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
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